据说被它毒死的人，体内无法检测出毒素，看上去就像普通的猝死，可以成为完美犯罪。
琴酒灌完药，放心的走了。
然而被他给予厚望的APTX4869，却没能发挥他期待的功效。
这药，只是把工藤新一的身体变小了。
工藤新一醒后，震惊的发现自己成了一个小学生。
他逃回家，遇到了阿笠博士。
在博士的劝告下，工藤新一隐瞒身份，化名为江户川柯南，决定去毛利家借住。
因为毛利兰的父亲毛利小五郎，开了一家侦探事务所，在当侦探。
而按照阿笠博士的脑回路，工藤新一需要：
用他出色的推理才能，帮毛利小五郎成为名侦探↓
名侦探毛利小五郎参与高等案件↓
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