同年闰十一月二十八日，孔有德等人行进到北直隶的吴桥附近，因遇大雨风雪阻路，不得继续行进，更因部队给养不足，士兵在饥寒交加之下，强取了山东望族王象春家仆的一只鸡。
后事泄，该士兵被“穿箭游营”，因而引起众军士的不满情绪，更由于辽兵素来与山东兵民不和，于是众军士们出营击杀该王象春的家仆。
而王象春之子却因此事不肯罢休，要求彻底查明真相，惩治行凶的众军士，恰逢此时李九成奉孙元化命市马归来，他因把孙元化给的市马钱挥霍一空，恐遭非议。
于是乎，李九成便勾结其子千总李应元，煽动军士哗变，焚烧王象春家庄园，挟持孔有德发动了吴桥兵变。
叛兵在李九成、孔有德等率领下，挥师回指，连陷山东诸县，最终攻克山东重镇登州，并一度进攻包围莱州。
此事，震动大明朝廷，迅速调集各路援军，甚至动用了辽东军将如吴襄、祖宽等将领，最终耗费十八个月才打败了这伙叛军。
当时，李九成已然战死，叛军以孔有德、耿仲明等人为首领，他们因山东登州已无法坚守，不得已之下才狼狈逃窜，最终浮海投降了后金。
此战虽然以明军最终的胜利而结束，似乎是与平定奢安之乱的胜利，一起给明军挽回了一点点虚妄面子，振奋了一点军民的士气。
但登莱局势却也因此番大乱而彻底糜烂，山东腹地也遭到叛军的蹂躏，大明更因此而丧失兵力数万，良将十多员，战舰、大炮、粮钱无算。
从此登莱地方渐渐荒芜，东江镇也军心动摇，海上牵制后金的力量也不再被朝臣所重视与提起，战略进攻更是无人问津。
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